即位之后，朱允炆便慢慢取消了朱元璋制定的残酷刑罚，大力减免了天下田租，接着便裁军、缩减开支，减轻百姓负担。这些政策却得罪了权贵和藩王。
接着，朱允炆将六部尚书从二品提升至一品，又在尚书与侍郎之间，加了个侍中之职，这使得六部尚书的地位大大提高。朱允炆又同时大大提高国子监、翰林院和詹事府的编制和地位。这样做的目的在于加强预备官员的儒家教育，提高翰林学士在朝廷决策中的地位，加强对以后帝国继承人的教育和训练。这一系列的朝廷机构的改革，更加强了文官之治，削弱了武官和藩王的权势。
令朱允炆心中恐惧的，不是武官而是藩王，而藩王之中，他尤俱燕王。朱棣给朱允炆的印象是相貌奇伟，智勇有大谋，且经过战争的洗礼，变得坚韧不拔。他麾下兵精将广、谋士如云，实力不容小觑。为此他专门找来齐泰与黄子澄，商议如何剪出燕王及其他藩王势力。
其实早在几年前，朱允炆当上皇太孙之后，就慢慢有了莫大的危机感，这种危机感，就是来自他的王叔们。所以当他登基称帝之后，便迫不及待地想要改变这种局面，于是他将齐泰、黄子澄、方孝孺等人统统提拔为翰林学士，共参国政。
朱允炆的性格完全不像朱元璋，他继承了他父亲太子朱标的温良品性。在温顺性格和儒家教育的共同作用下，温文尔雅的朱允炆从心底里排斥朱元璋的酷政，衷心向往圣贤书上所说的仁政。
齐泰认为应该“射人先射马，擒贼先擒王”，出其不意，先下手为强，除掉燕王，还能起到杀鸡骇猴的作用。而黄子澄则认为齐泰此举太过鲁莽，对付燕王必须精心布置才能万无一失，不若先从太祖时期就有不法行为的周王入手，剪除藩王的同时也能起到威慑作用。
洪武三十一年，太祖朱元璋驾崩，同年皇太孙朱允炆登基称帝，次年改年号为建文。建文帝尚为皇太孙时，其祖父太祖朱元璋就召集天下名儒，悉心教导他，希望他成为一位合格的守成之君。朱元璋不是没有考虑过朱允炆可能要面对的困难——他的众多王叔大都年富力强，手握大军于四方，对这个文弱的皇侄虎视眈眈，可是岁月不饶人，他也有心无力。
朱元璋一生英明神武，却也犯错不断，尤其是在对书生的认识上面。他切身体会过书生治国的无能，却也难免仰视读书人，最终还是将一张白纸一样的帝国继承人交给了书生。
俗话说，百无一用是书生，朱允炆的老师齐泰、黄子澄、方孝孺等等，就是这样的人。他们的言行举止无不符合圣人之言，却充满了不切实际的一厢情愿。他们个个人品学识非凡、满腹经纶，却都没有行政经验，更别提斗争经验了。他们对于治国大计只会纸上谈兵，更别提帮助朱允炆面对如此复杂险恶的局面，制定有效的国政大计了。
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