刘备对法正格外其中，又命法正与军师诸葛亮、昭文将军伊籍、左将军西曹掾刘巴、兴业将军李严五人一起制定《蜀科》，改变刘璋治下益州法纪松弛，德政不举，威刑不肃的局面。
《蜀科》制定后，由于严法治蜀，打击了地方豪强势力，豪强十分不满，消极抵抗。法正提出用当年汉高祖入关与民约法三章之事向诸葛亮进言：成都初定，宜缓刑弛禁，放宽约束。但诸葛亮认为不能盲目沿用汉初的法度，应当因时制宜，懂得变通。
法正虽然擅长军事谋略，但在政治谋略上因循守旧少变通，性格恩怨分明、睚眦必报，掌握大权后，对他有过小恩惠的人就会受到他的照顾，他有过矛盾的人，就要加以报复，擅杀毁伤己者数人。有人向诸葛亮告发，请诸葛亮禀报刘备，不要让法正作威作福。而诸葛亮以为法正是深得宠信的肱股之臣，劳苦功高，不加过问。
房陵﹑上庸﹑西城三郡合称益州东三郡，因其地势闭塞，远离中原繁华地带，一直以来，就是流放犯人的蛮荒之地。奉刘备之命攻打上庸，逼降上庸太守申耽之后，两人便驻扎在上庸，两个失意人偏偏又各持身份，相互并不和睦。
“据探马报，周卫国在各处驻扎大军，其本人亦在济南，定是为防备主公。我以为，此时还是不宜用兵。”华歆犹豫一下说道。“可派人持天子诏书至青州加以斥责，要回于禁、常林。”
报复周仓，渡河北上是不可能的，只能攻打济南，偏偏周仓又亲自在济南坐镇，冒然出兵讨不到什么好处。开口讨要青州和冀州，那是自讨没趣，不如试试能不能把于禁和常林要回来。
“文则久随于我，衷心义胆刚烈不屈，想必已是凶多吉少。”曹操叹口气。“就按此议，令辛毗走一遭。”
一连串的组合，除了川南与蛮族结合部以及巴西等地，刘备终于稳住益州局势，但是益州士族与荆州士族始终不能融合，只因刘备与诸葛亮在，相互井水不犯河水。最先跟随刘备起家的简雍与糜竺虽然地位超然，但被有意无意的疏远，成为两地士族相争的牺牲品，两个人挣老大，为何最终吃亏的是老三？
牺牲品不仅他们两个，还有刘封与孟达，刘封作为刘备的养子仅被封为副军中郎将，自从有了儿子刘禅，刘封的地位就渐渐淡化，入川多有战功，却是与一般武将再无差别，原本还有关平相伴，关平回荆州之后，刘封的地位更加尴尬，无人敢与他深交。孟达本被刘备任命宜都太守，出兵房陵，诸葛亮的大姐夫蒯祺被孟达手下所害，许多人碍于诸葛亮的面子，自发疏远孟达。
董和之子董允，江夏人费祎，零陵人蒋琬相交友善，号称“三俊”，三人各有所长，被诸葛亮所看重。最看重的是马良之弟马谡，时常带在身边，刘备却不看好马谡。
益州本地人法正被任命为蜀郡太守、扬武将军；吴懿、吴班兄弟为领军，巴西人黄权为偏将军，梓潼人吴兰、雷同为将军；建宁人李恢为功曹、主簿；绵竹人秦宓为祭酒从事。故蜀郡太守许靖，不被刘备所喜，法正劝道：“许靖虽然有名无实，但名声四海皆知，若是不用，天下就会认为主公不用贤臣。”刘备只好面上对许靖很尊重，并命为左将军府长史。许靖，汝南人，好评品人物，与堂弟许劭创月旦评。许劭，即当年说曹操：乱世之枭雄、治世之能臣的许子将。
曹操在想心事，荀攸等人也在想对策，董昭虽然说的有理，但形式没有这么乐观，可一时有没有什么好的解决办法。
曹操终于回过神来，“这件事就交给崔林去办，另外为崔琰及其族人建衣冠冢，向天子请封，我要引朝臣一起拜祭。其他死难者照此办理。”
“令中护军韩浩总领许都防务，曹洪晋都护将军，曹真晋偏将军，主簿王必晋丞相长史，司马懿为黄门侍郎。”
曹操兵退，益州日渐平稳。刘备原有左将军的名头，再次自表为大司马。刘备赐予诸葛亮、法正、张飞及关羽四人黄金各五百斤，白银千斤，钱五千万，锦千匹。
为了平衡益州与荆州士族的关系，弱化当地士族地位，刘备封南郡人董和为章军中郎将，与诸葛亮共主持府中事物；襄阳人向宠为中领军，向宠即向郎之弟，南郡人冯习、张南，新野人邓芝为将军；新野人来敏为典学校尉，来敏是桓帝司空来艳的儿子，五官中郎将黄琬的小舅子，独诸葛亮不看好来敏，称“来敏乱群，过于孔文举”。
荀攸说道：“周卫国已是强弩之末，进攻乏力，转向守御。我担心刘备与孙权听闻我军失利，再起事端。所虑者唯汉中、樊城与合肥三处。”
曹操冷笑一声，虎落平川被犬欺吗？“有妙才、子孝和文远在，这三处无大碍。”话音未落，曹操猛然想到，是不是该趁这个机会把司马懿调出呢？旋即打消这个念头，把司马懿放出去只会使他招揽更多人心，不如收其权，将他雪藏。
董昭笑道：“主公勿忧，周卫国虽羽翼渐丰，可惜他不通时务，倒行逆施与天下为敌，竟然将清河崔氏灭门，怎么不令天下士人心寒？只需将其恶行布告天下，不用主公出兵，用不了多久周卫国就会众叛亲离，千夫所指，为众矢之的！”
曹操叹口气，但愿如此，当年自己杀一个边让，陈宫、张邈立马反叛，引吕布入兖州，险些让自己无家可归，周仓也要步自己的后尘吗？说实在的，曹操佩服周仓的勇气，当然他不知当时只是甘宁擅自做主，自己又何尝不对这些大族把持军政财言而不满呢？只是自己做的没有这么绝情。
恍惚间，曹操想起约三十年前自己与周仓在雒阳初次相识，周仓就提及这些豪门贵族的危害，周仓这是觉得翅膀硬了开始辅之于行动吗？
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